本发明涉及质谱图识别领域，尤其涉及一种用于液质联用仪的质谱图识别方法及系统，方法包括：获取质谱图和质谱基线，利用LMS算法对质谱图进行初步去噪得到初始质谱图，调节LMS算法中的初始步长因子得到最佳步长因子，对质谱图进行再次去噪，以用于对质谱图进行识别。本发明利用峰侧波动系数和突发噪声特征系数对初始步长因子进行调整得到最佳步长因子，最后利用LMS算法对质谱图进行去噪，改善了质谱图的去噪效果，便于对质谱图进行识别。