一种将模型与R进行耦合交互的方法，利用OpenMP(共享存储并行编程)构建“工作‑休眠循环框架”，控制模型与R平台交替工作与休眠，即模型工作时，R平台休眠等待，当模型执行完毕即进入休眠，而R平台开始工作；R平台结束后，发送指令启动模型运行，从而开始了一个新的工作循环，如此交替工作。本发明中将PEST输入模板和输出指令概念及模型运行功能实例化为模型线程，用户R函数和脚本实例化为R线程。此两个线程受上述“工作‑休眠循环框架”管理，以实现交互耦合。本发明方法的特点在于不接触模型源代码的情况下，实现了模型与R协同工作，模型就像是一个R函数一样可以在R平台自由调用，从而充分利用R平台的强大功能，实现参数优化、敏感性和不确定性分析及可视化等功能，极大地简化了模型反演和模拟分析操作，并提升了工作效率和用户体验。